В 1997 году в университете был впервые организован Факультет математико-информационного профиля – факультет информатики и прикладной математики.

В 2006 году по инициативе кафедры был основан факультет естественно-научного профиля – факультет прикладной математики и физики (ФПМФ) в составе кафедр: «Физика и прикладная математика», «Высшая математика», «Общая и прикладная физика». ФИПМ в связи с реорганизацией переименован в Факультет информационных технологий.

В 2011 году по окончании процедуры реорганизации университета путём присоединения к нему ГОУ ВПО «Владимирский государственный гуманитарный университет» во Владимирском государственном университете созданы новые подразделения – Институты.

Сформирован Институт прикладной математики и информатики, био- и нанотехнологий.

В 2016 году в соответствии с решением Учёного совета в структуре университета в качестве самостоятельного подразделения создан Институт прикладной математики, физики и информатики.

В настоящее время выпускающие кафедры специализируются на подготовке специалистов в области физико-математических наук, информационных технологий, лазерных технологий и нанотехнологий. У нас обучаются порядка 400 студентов из России и стран СНГ, в том числе по целевым договорам с органами власти разного уровня и успешным профильным бизнес-сообществом. Лучшие студенты и аспиранты регулярно становятся стипендиатами Президента и Правительства России, областной и городской администраций, имеют возможность прохождения обучения и стажировки в научно-образовательных учреждениях за рубежом. Наши выпускники работают в государственных научно-образовательных учреждениях и органах государственной власти, в коммерческих фирмах Владимирского региона, Москвы и Московской области, Санкт-Петербурга, и др., а также за рубежом – в Италии, Германии, Англии и др.

С 29 января 2024 года Институт прикладной математики, физики и информатики объединился с Институтом информационных технологий и радиоэлектроники.