С 2011 года в системе высшего профессионального образования произошли существенные изменения, связанные с участием России в так называемом Болонском процессе. Самым заметным из этих изменений стал переход к обучению по двухуровневой системе (бакалавриат+магистратура) и упорядочивание списка направлений. Новая система закреплена введением в действие Федеральных государственных образовательных стандартов (ФГОС).

Магистратура является вторым уровнем высшего образования, на котором студенты, уже имеющие квалификацию бакалавра или инженерную специальность, могут продолжить обучение с целью более глубоко изучения специальных областей знаний и развития навыков научного мышления.

Выпускник, получивший диплом магистра, имеет право поступления в аспирантуру.

Направления магистратуры

Код	Название	Квалификация	Срок обучения	Выпускающая кафедра
01.04.02	Прикладная математика и информатика (программа «Математическое моделирование»)	магистр	2 года	ФиПМ
02.04.01	Математика и компьютерные науки (программа «Математические методы в экономике и финансах»)	магистр	2 года	ФАиП
12.04.05	Лазерная техника и лазерные технологии (программа «Твердотельные и полупроводниковые лазерные системы»)	магистр	2 года	ФиПМ
28.04.01	Нанотехнологии и микросистемная техника (программа «Инженерно-физические технологии в наноиндустрии»)	магистр	2 года	ФиПМ